Buenas, tienes toda la razón con los años que se lleva implantando la prevención en las obras, y el monton de lagunas que existen, en mi caso hago lo siguiente:
El encargado de obra tiene totalmente prohibido que entre nadie sin una targeta que les hagocuando tengo toda la documentación solicitada, donde se especifica la cat.prof, el nombre y una foto, ya que suelen intentar hacer el cambio de persona cuando a la subcontrata le apetece. Y a final de mes tienen que presentar una hoja de presencia de sus trabajadores en obra, que por supuesto tiene que coincidir con el control que yo realizo, si todo va bien y esta la documentación en mi poder se procede a emitir el pago de la factura, y si no es así no cobran, desde que se hace así a nadie se le olvida traer los papeles, eso si si tus compañeros no te apoyan es un poco complicado. Saludos